Devario aequipinnatus

L'attuale nome del genere Devario è in uso solo dal 2003, in precedenza i membri erano considerati appartenenti al genere Danio.
Le filogenesi più antiche e molecolari tendevano a convenire che quest'ultimo rappresentasse un gruppo monofiletico, costituito da due clade (gruppi) maggiori; il raggruppamento "Danio devario" che conteneva le specie più grandi e dal corpo più profondo e il clade "Danio rerio" che comprendeva i pesci più piccoli e più snelli.
Tuttavia nel 2003 Fang Fang condusse uno studio più dettagliato basato su caratteri morfologici, che includevano anche membri di altri generi correlati, e i risultati suggerirono per la prima volta che il genere Danio come precedentemente considerato rappresentasse un raggruppamento polifiletico, cioè non tutti i membri derivavano da un unico antenato comune.
Di conseguenza fu proposto il nome di genere Devario per le specie più grandi, lasciando il nome di genere Danio per le specie più piccole, anche se secondo Kottelat (2013) quest'ultimo dovrebbe essere usato solo per la specie tipo, Danio dangila, con la maggior parte degli ex membri inseriti nei generi riconfermati Brachydanio e Celestichthys.

Questi risultati sono stati supportati da successive analisi filogenetiche (per esempio Mayden et al., 2007), anche se il genere Devario ha subito ancora un piccolo rimescolamento, in particolare dopo Fang et al. (2009) e Kottelat (2013), ma non sono stati considerati da altri studi successivi, di Kullander e Noren, che hanno ribaltato le conclusioni su Brachydanio e Celestichthys, ritornati sinonimi di Danio.

Fang et al. (2009) ha messo in sinonimia con Devario due specie che in precedenza costituivano il ​​genere Inlecypris, e tre specie precedentemente incluse in Microrasbora sono state trasferite nel nuovo genere Microdevario basato sul possesso di sinapomorfie condivise con Devario. È stata anche ipotizzata l'esistenza di un clade monofiletico costituito dai generi Devario, Chela, Laubuka, Microdevario e Microrasbora, una teoria sostenuta nello studio più recente di Tang et al. (2010), dove anche il genere Betadevario (Pramod et al., 2010) viene annidato all'interno di questo gruppo.

Kottelat (2013) ha riconvalidato il genere Inlecypris notando che l'evidenza filogenetica suggeriva l'esistenza di due linee genetiche all'interno del genere Devario. La prima contiene le specie con strisce laterali prominenti,  lascia i rimanenti membri (Devario apogon e Devario chrysotaeniatus) di incerta collocazione tassonomica. Inoltre, un certo numero di specie a strisce condividono un disegno di colore comprendente una striscia di forma mediana sulla metà posteriore del corpo con alcune barre nella parte anteriore e macchie dorate tra di loro. Queste potrebbero eventualmente essere inserite in un genere separato per il quale è disponibile il nome Parabarilius.