Sinibotia

La famiglia Botiidae è stata ampiamente considerata un gruppo geneticamente distinto da Nalbant (2002), essendo stata anche in passato già considerata una sottofamiglia (Botiinae) della famiglia Cobitidae. Nalbant ha anche spostato alcuni membri del genere Botia nel nuovo genere Yasuhikotakia, sulla base di un certo numero di caratteri morfologici.
Più tardi Kottelat (2004) ha fatto ulteriori modifiche alla tassonomia, creando il genere Chromobotia per separare Chromobotia macracanthus dai botia e confermando che le specie precedentemente comprese nel genere Hymenophysa dovevano invece essere spostate nel genere Syncrossus. La prima modifica è basata sul disegno della livrea più alcuni caratteri morfologici e la seconda sul fatto che Hymenophysa rappresenta non solo un errore di ortografia (l'ortografia originale di McClelland era Hymenphysa), ma è anche un sinonimo junior di Botia.
Più recentemente Kottelat (2012) ha descritto il genere Ambastaia per ospitare Ambastaia nigrolineata e Ambastaia sidthimunki, due ex membri sia del genere Botia che di Yasuhikotakia.

Come risultato di questi lavori, la famiglia Botiidae viene così suddivisa in due tribù entro cui Botia sembra essere l'antenato di base:

Tribù Leptobotiini – Leptobotia, Parabotia, Sinibotia.
Tribù Botiini – Ambastaia, Botia, Chromobotia, Syncrossus, Yasuhikotakia.

Gli studi filogenetici di Tang et al. (2005) e Šlechtová et al. (2006) hanno ampiamente confermato che questo sistema è corretto, anche se quest'ultimo non è d'accordo con il posizionamento del genere Sinibotia, trovandolo più strettamente legato alla tribù Botiini. Ambastaia nigrolineata e Ambastaia sidthimunki risultano essere più strettamente legati sia a Sinibotia che a Syncrossus, rispetto a Yasuhikotakia, pur essendo all'epoca considerati membri di quest'ultimo genere. Šlechtová et al. ha proposto anche l'uso di nomi di sottofamiglia, con il seguente sistema:

Sottofamiglia Leptobotiinae - Leptobotia, Parabotia.
Sottofamiglia Botiinae - Botia, Chromobotia, Sinibotia,  Syncrossus, Yasuhikotakia.

All'interno di questi il genere Botia sembra essere il lignaggio basale, cioè il più antico, e in una più dettagliata analisi filogenetica Šlechtová et al. (2007) ha confermato la validità della famiglia Botiidae con generi sopra elencati come membri, piuttosto che essere raggruppati in sottofamiglie. Questo sistema, più recente e semplice, è quello che attualmente viene seguito da siti autorevoli, come Seriouslyfish.com.